Физическая структура человеческого генома отличается сложной и запутанной организацией, что может осложнять применение методов искусственного интеллекта для его анализа. Внимание исследователей привлекает не только последовательность ДНК, но и то, как она пространственно устроена внутри клетки.
Такая «переплетённая» физическая конфигурация генома добавляет уровень сложности, который не всегда учитывается алгоритмами ИИ. Подходы, ориентированные главным образом на последовательности, могут сталкиваться с ограничениями, когда необходимо учитывать пространственные взаимодействия и структуру.
В результате особенности физической организации генетического материала могут становиться препятствием для моделей ИИ, пытающихся точно интерпретировать работу генома и связанные с ним биологические процессы.